馬祖港之藍色公路相關建設擬以近程萬噸郵輪直靠，未來5萬噸級郵輪泊靠為目標，配合相關島際交通船大型化後之需求，順暢島際間海運接駁與島際服務設施，營造馬祖多元化之便捷交通環境，提升馬祖國際能見度，促進地區觀光旅遊產能。

新建浮動碼頭1座、改建浮動碼頭1座並修繕既有浮動碼頭。協助航運業者培養搭乘海運航線客源，減少經營負擔，以協助航線永續經營，另提供多元優惠方案吸引消費者以提升乘船人次，並提供離島民眾海運新的運輸管道及多元交通選擇，營造離島海運舒適及遊憩之形象，使民眾更重視及參與臺灣海運活動發展，提升我國海運客運服務品質，使臺灣海運環境穩定成長。